Царско село е един от най-новите столични футболни клубове. Основан е през 2015 г. от Стойне Манолов, чиято първоначална идея е да изгради частна младежка академия. Малко по-късно обаче се появява и мъжки тим, който стартира от четвъртия ешелон на България – “А” ОГ София – “Юг”. Ръководството залага на “червено-бели” разцветки на екипите, а базата бива разположена в едноименния комплекс, в полите на Витоша.

През 2016 г. Царско село се обединява с ФК София е се присъединява към Трета лига. Тогава обаче настъпват ключови промени в българския футбол, а “царете” са поканени да участват в професионалните лиги на България. След три сезона, прекарани във второто ниво, Царско село печели промоция за висшия ешелон след тотална доминация през 2019 г. Отборът, ръководен от Никола Спасов, финишира на първото място с актив от 76 пункта след 30 изиграни кръга.

Естествено, Царско село се възползва от възможността си за участие в efbet Лига. Основен проблем се явява стадионът – “Арена Царско село”, който не е пригоден за струпване на огромно количество публика. Така, през историческата си първа година в елита “царете” домакинстват на четири различни стадиона, което се оказва своеобразен рекорд.

Единственото отличие на Царско село е шампионската титла от сезон 2018/2019, когато окупира върха във Втора лига.

В първите си години клубът залага единствено на български играчи, но след като се изкачва в професионалните дивизии закупува няколко чуждестранни футболисти, предимно бразилци и нидерландци.