Футболен клуб Санкт Пьолтен е професионален отбор от едноименния австрийски град. Основан е през 2000 година и играе на „Ен Фау Арена“ (8000 души капацитет).

СКН Санкт Пьолтен е създаден след разпадането на неофициалния си предшественик ФКН Санкт Пьолтен през юни 2000. Новият клуб поел инфраструктурата на ФКН Санкт Пьолтен. Въпреки че според нормалните правила новите клубове трябва да започват от най-ниската възможна дивизия, поради приемането на системата на академията на СКН Санкт Пьолтен им било позволено да участват във Втора лига Запад, петото ниво на австрийския футбол.

През първите си сезони отборът спечелил Втора лига и бил промотиран до четвъртото ниво на австрийския футбол. През сезон 2001/02 спечелил втората си последователна титла и бил прехвърлен в Регионална лига Изток.

През сезон 2002/03 завършил на 12-то място, но през следвата година подобрил представянето си и достигнал до 4-та позиция в края на сезона. През сезон 2004/05 финиширал на шесто място. Третата си промоция постигнал през сезон 2007/08, като през един период от сезона имал 24 последователни игри без загуба. Оттогава се състезавал в Първа лига.

През сезон 2013/14 за пръв път в историята си отборът достигнал до финал на Купа на Австрия. Постигнал промоция за Австрийската бундеслига след като спечелил Първа лига през 2015/16.

Отборът се е изправял срещу българския Ботев Пловдив във втори квалификационен кръг на Лига Европа 2014/15 и победил с общо 3:2. (Отпада от Лига Европа в трети квалификационен кръг след загуба с общо 2:4 срещу ПСВ Айндховен.)

Най-добрите му национални постижения са финал за Купа на Австрия и шампионска титла от Първа лига, а в Европа – достигане до трети квалификационен кръг на Лига Европа.